가장 일반적인 의미에서 조직의 목표는 조직이 달성하고자 하는 미래의 상태이다. 이러한 정의는 일반적인 수준에서는 별 문제없이 통용된다. 이러한 조직목표는 조직에서 합법성 및 정당성의 제공, 조직구성원행동의 지침과 동기부여, 의사결정지침의 제공과 불확실성의 감소, 그리고 효과성의 평가기준을 제공하는 등의 다양한 기능을 한다.
조직이 명백한 목표를 추구한다는 가정 하에 합리성의 극대화의 추구가 조직의 구성논리이다. 가장 단순한 의미에서의 조직합리성은 목표달성에 가장 효율적인 수단을 취함으로써 극대화된다고 정의된다.
조직의 각 요소들은 목표에 대해 맡은 바 분명한 기여가 전제되었으며, 조직구조는 최고의 효율성이 확보되도록 설계된다. 따라서 합리적 관점에서 보는 조직목표란 무엇보다도 일련의 대안적 행위들이 고려되고 선택되는 기준이다. 즉, 조직목표가 갖는 조직 내 의사결정과 행위를 이끄는 인지적 기능에 주안점을 두는 것이다.
자연적 조직관에서 보는 조직은 분명한 목표로서 항상 합리성의 최우선 하에 행동하는 행위자가 아니다. 오히려 조직내외의 상황에 그때 그때 적응하며, 이 과정에서 경우에 따라서는 목표도 같이 변화하게 된다. 우선 조직에는 산출목표와 구분되는 체계유지목표가 있다. 여기에서 산출목표란 합리적 관점에서 강조하는 조직이 달성하고자 하는 미래의 바람직한 상태와 직접적인 관련을 갖는다. 그 이상의 자원을 체계유지와 조직생존을 위해 할애한다.