EMDR의 치료요소 중 가장 중요한 것으로 보는 안구운동 또는 손으로 상대의 양쪽 손등을 살짝 두드리거나 양측성 음향을 들려주는 것과 같은 양측성 자극은 마비가 된 정보처리 시스템(Information processing system)을 활성화시킴으로써 처리가 되지 않은 정보의 재처리과정을 자극하는 데 효과가 있다. 아마도 양쪽 대뇌반구에 규칙적으로 번갈아가며 자극을 주는 것이 EMDR의 재처리 효과를 일으키는 것으로 생각된다. 사피로 박사는 이를 활성화된 정보처리과정(Accelerated Information Processing)이라고 하였다. 그런가 하면 안구운동이 기억을 통합하는 해마의 기능을 강화하는 것 같다고 보는 이론도 있다. 또 EMDR을 할 때 내담자에게 내부의 느낌과 안구운동에 동시에 집중하도록 하는 이중