세계보건기구(WHO)는 보완대체요법의 장점으로 다음과 같은 것들을 들고 있다. 소득이 적거나 중간 정도인 국가에서 손쉽게 접할 수 있고, 비용을 지불할 수 있으며, 널리 이용된다. 안전성과 효과에 대하여 경험적인 근거가 있다. 보완대체요법의 치료법은 현대의학의 치료법보다 부작용이 적게 초래될 수 있다. 치료법이 없는 만성 퇴행성 질환에 사용이 늘고 있다. 다양하고 유연성이 있다. 비교적 비용이 적게 든다. 요구되는 기술 수준이 비교적 낮다. 한편 현대의학으로 해결할 수 없는 문제에 접근할 때 보완대체요법은 사회문화적 배경과 조화를 이룰 수 있는 대안을 제공해주는 것이 장점이라는 의견도 있다. 국내의 보완대체요법사들은 보완대체요법이 다음과 같은 장점을 가지고 있다고 주장한다. 그러나 그런 주장은 사실을 왜곡한 결과인 경우가 많다. 괄호 안에 비판적인 의견을 덧붙인다.
첫째, 현대의학에서 적절한 진단과 치료방법이 정립되지 않은 기능성 질환과 병전 상태 또는 만성, 퇴행성 질환 내지 말기암 상태에 있는 환자들에 대해 현대의학이 더 이상 희망을 주지 못하고 효과를 보장하지 못하고 있기 때문에 보존적인 치료법으로 대체의학이 선택되는 경향을 보인다.
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