생물다양성 보전에 관계되는 중요한 원리로는 보전유전학, 섬의 생물지리학, 메타개체군, 비평형설의 4가지를 들 수 있다.
①보전유전학
보전유전학은 유전학을 멸종위기에 처한 야생동식물의 보전에 응용하는 방법을 연구하는 새로운 학문 분야이다. 보전유전학의 연구에 가장 필수적인 것이 유전적 샘플이다. 연구대상 자체가 희귀하고 멸종위기에 처해 있기 때문에 샘플 수집은 대단히 지난한 일일 수 있다.
보전유전학에서는 특히 개체수가 적을 때의 유전적 다양성의 소실에 주목한다. 북미대륙의 철새인 나그네비둘기는 한때 현재의 세계인구와 비슷한 숫자인 약 50억 마리가 살고 있었다고 추정될 정도로 수가 많았으나, 1914년에 멸종되었다. 북미대륙에 살던 멧닭도 마찬가지다. 과다한 사냥과 서식지 파괴로 1900년에는 개체 수가 100마리 이하로 줄어들었으며 개체 수가 적은 개체군에서 일어나는 근친교배 등 여러 문제로 1932년에 멸종되었다.
이들이 멸종되기 직전에는 숫자가 수십 마리로 줄어들었을 텐데 이 때는 우리가 아무리 노력을 기울였어도 멸종을 막을 수 없을 수 없었을 것이다. 개체수가 너무 적으면 우연에 의해서 유전적 다양성이 감소하고, 짝을 찾기가 어려워지고, 근친교배가 일어나서 해로운 유전자가 발현되기 때문이다. 결국 필연적으로 수 년~수십 년 내 멸종에 이르게 된다. 보통 한 개체군의 유전적 다양성을 단기간 유지하기 위해서는 최소 50개체가, 장기간으로는 최소 500개체가 있어야 한다고 한다.