파파인은 파파야 열매의 유액에서 추출하는 단백질 가수분해효소이다. 덜익은 과실의 외피 혹은 수간에 얕은 상처를 내어 떨어지는 유액을 모아 4~6시간 방치하면 응고하여 수지상의 파파인 라텍스(papain latex)를 얻는다. 이것을 정제하여 파파인을 만든다.
파파인의 가장 큰 특징은 자연에서 발견되는 강력한 소화효소 중 하나로 작용 메커니즘은 아무리 큰 단백질 덩어리라도 이것을 잘게 부수어 장에서 쉽게 소화할 수 있도록 한다.
이는 곧 고장나 쓸모가 없게 된 혹은 병들어 돌연변이 징후가 보이는 세포나 단백질, 나아가 암덩어리 조차도 분해시켜 버리는 기능을 한다.
그래서 암치료에서 효소테라피로 매우 중요한 역할을 한다.
파파인의 이용은 ①식육의 연화 ② 치즈제조시 우유 응고용제 ③맥주의 냉장 시에 생기는 침전입자의 제거 ④ 비단의 정련 ⑤피혁의 무두질 ⑥ 목이나 구강 염증 치료용 의약품 ⑦ 소화제와 변비치료제 ⑧ 타박상 치료제 ⑨ 피부 미용제 ⑩ 암치료제 등으로 널리 쓰이고 있다.
고기를 잎으로 둘러싸거나 과실과 같이 삶으면 고기가 부드럽게 되기 때문에 요리에 많이 쓰인다. 식육에 대한 파파인의 연화작용은 결합조직성의 콜라겐, 엘라스틴(elastin), 악토미오신 등에 대하여 강한 가수분해력을 갖는다.
묽은 염류용액에는 녹지 않고 70% 알코올에 가용성이며, 단백질을 분해하여 소화제용 펩톤(peptone)을 생성한다. 동시에 펩티드 합성작용도 있는 것으로 알려져 있다.