먼저 생각할 수 있는 문제로 보험급여의 확충보다는 예방활동 강화의 문제를 생각할 수 있다. 사회보험의 형태로 운영되고 있는 현행의 산재보험제도에 대한 가장 중요하면서도 근본적인 문제점으로 현행의 보험요율 산정방식에서는 기업의 산재예방 활동을 유인하는 기능이 취약하다는 점이다. 현행 방식에서는 보험요율 산정의 기초가 되는 업종분류가 68개로 제한되어 있으며, 이렇게 업종별로 산정한 보험요율이 개별사업장의 산재예방 노력을 충분히 반영하지 못하고 있다. 개별사업장이 재해율을 낮추어도, 개별사업장의 보험요율이 업종별 재해율을 기초로 하여 산정되므로 해당 사업장은 매우 제한적으로만 예방 효과의 혜택을 볼 수 있는 문제가 있다. 물론 개별실적요율을 적용받는 사업장의 경우에는 업종별로 산정된 보험요율을 50%까지 할인받을 수 있다.
그러나 전체 사업장에서 개별실적요율이 적용되는 사업장의 비중이 현재 약 8%에 불과하기 때문에 대다수 사업장의 경우 산재예방에 대한 투자를 할 경제적 유인이 미흡한 실정이다. 현실에서 업종별로 보험요율을 산정하는데 있어서 업종별 2차 분산을 하고 있다. 이에 따라 보험연도의 보험요율이 전년보다 큰 폭으로 상승한 업종의 보험요율을 안정시키기 위하여 이들 업종의 보험급여를 보험요율이 전년에 비하여 상대적으로 유리하게 변동한 업종으로 분산시키고 있다. 그러나 이러한 분산이 법적 근거 없이 관행적으로 이루어지고 있다.