중소기업 적합업종 발표를 앞두고 관련 업계는 지정 여부에 촉각을 곤두세우고 있다. 특히 동네빵집 문제로 대표되는 제과점업과 외식업 등이 적합업종으로 지정되면 대형 프랜차이즈 자영업자와 외국계 업체간 역차별, 강제적인 영업 축소, 중견기업에 대한 배려 등의 논란을 비켜가기 어려울 것으로 보인다.
정부에서 중소기업의 성장방안으로 중소기업 적합업종 지정을 시행함에 따라서 논란이 일어나고 있다. 중소기업 적합업종으로 지정되면 해당 업종에 대해서는 대기업의 진출이 제한되기 때문에 이와 관련해서 입장 충돌이 나타나고 있다.
정부에서는 국내 중소기업의 성장이 더디게 이루어지며 중소기업의 열악한 경영상황을 개선하기 위해서 이와 같은 방안을 실시하고 있다. 대기업의 시장 진출을 막게 되면 중소기업의 경쟁력이 향상되기 때문이다.