갈등주의 이론은 사회 내의 집단 간에 한정된 자원을 둘러싼 갈등을 필연적인 결과로 파악한다. 그리하여 갈등주의 이론에서는 의사들이 자신의 이익을 위해 의료문제를 유지하고 증폭시킨다고 볼 수 있다.
달리 말하면 의사와 환자와의 관계에서 환자를 착취하고 독점적인 이익을 누린다고 보는 것이다.
우리나라에서는 환자가 전체 진료비 중에서 직접 지불하는 비율인 본인부담률이 높고, 국민건강보험 수가가 적용되지 않고 일반 수가가 적용되는 비급여 항목이 많다고 지적하였다. 이러한 문제들은 우리나라 진료비 수가가 행위별 수가제(fee-for-service system)에 의해 결정되는 데에 상당 부분 그 원인이 있다고 할 수 있다.
행위별 수가는 의료행위별로 단가가 정해져 있어 총 진료비는 의료행위와 단가를 곱한 금액의 총합으로 계산된다. 그런데 이러한 행위별 수가제도는 통상적으로 의사의 과잉진료를 유발한다. 왜냐하면 의사들이 자신의 이익을 최대화하기 위해 불필요한 의료서비스나 투약을 하는 이른바 과잉진료를 행하기 때문이다. 이러한 과잉진료는 결과적으로 전체 의료비를 증가시킴으로써 소비자인 환자의 경제적 부담을 가중시킨다.
이와 함께 의사집단들은 자신의 이익을 극대화하기 위하여 이익집단을 결성하고, 국가의 의료정책에 영향력을 행사한다. 한 예로 전체 의료비 증에 약값이 차지하는 비중이 상대적으로 높다. 그러다 보니 약의 처방을 누가 하는가가 관련 집단들의 이해와 직결되는 사안이 되었다. 최근에 의약분업을 둘러싼 의사들의 집단휴업을 포함한 집단행동은 갈등주의 이론에 의해서 의료문제를 이해할 수 있는 좋은 예가 된다.
본래 의약분업의 목적은 의(醫)와 약(藥)을 구분하여 국민들에게 질 좋은 의료서비스를 제공하는 데에 있다. 즉, 의약분업을 통하여 의사는 진찰과 처방을 하고 약사는 처방에 파론 조제를 함으로써 의약품의 오용과 남용을 막을 수 있다는 것이다. 이러한 의약분업은 1963년 약사법을 개정한 이후에 이익집단들 간의 대립 때문에 실시되지 못하다가 1998년 출범한 김대중 정부에서 의약분업을 추진하였다. 김대중 정부 하에서 추진된 의약분업은 청와대, 보건복지부, 의사협회, 약사회, 시민단체 등이 상호 협력과 적대관계를 다양하게 맺음으로써 복잡한 양상을 나타냈다. 의사협회는 자신의 목적달성을 위하여 한편으로는 협상하면서 다른 한편으로는 집단행
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