발효식품은 세계 각국에서 그 나라의 산물, 기후 풍토, 민족의 기호성을 배경으로 발달된 것으로 그 발생은 인류의 역사와 같은 정도로 오래 된 것이고, 이집트의 맥주 제조는 5,000년 이전으로 거슬러 올라간다.
원래 발효식품은 자연환경 중에 혼입된 미생물의 작용에 의하여 만들어 진 것이나, 우리 인간이 미생물이라는 눈에 보이지 않는 생물에 대한 지식이 전혀 없었던 시대에도 언제 어떻게 하면 맛있는 발효식품이 얻어질 것인가를 오랜 경험으로 알고 있었다. 미생물에 대한 지식이 얻어짐에 따라 우리 인간은 이것을 이용하여 자연으로 번식되고 있는 미생물을 충분히 자랄 수 있는 환경을 만들어 주었을 뿐만 아니라 발효식품에서 미생물을 분리하여 유용한 균만을 배양하여 그 균을 이용하여 발효식품을 만들게 되었다. 이와 같은 발효식품을 만들어내는 유용한 미생물을 발효미생물이라고 한다.
미생물의 종류, 식품의 재료에 따라 발효식품의 종류는 다양하며, 각기 독특한 특징과 풍미를 지닌다.