Bioinformatics Sequencing
1. 실험 제목
Bioinformatics Sequencing
2. 실험목적
sequencing에 대해 이해하고, sequencing을 통해 알 수 있는 DNA 염기서열을 가지고 BLAST 분석을 통하여 gene의 ORF, homology, restriction enzyme site, motif, 2D structure 등을 알아보고 한다.
3. 실험 방법
① 실험 수업 시간에 실험 조교가 Nucleotide blast, Protein blast, Homolog 찾기, Restriction Enzyme site search의 시범을 보여주었다.
② 핸드아웃과 함께 첨부된 20개의 DNA sequence를 가지고 수강생들은 실험시간 후에 각자 nucleotide blast를 하여 어떤 유전자인지 결과를 분석하였다.
③ 해당 유전자가 생성하는 단백질을 protein blast로 찾았다. Protein이 가진 conserved domain을 찾아서 구조를 확인하였다.
④ 사람과 쥐의 protein sequence를 비교하였다.
⑤ DNA sequence의 Restriction Enzyme site를 찾아보았다.
4. 실험 재료
BLAST한 sequence : 3번
aattgcttaa aagatatgtt gcaaacatag caagaggcgg cagtataaga tttttcttca
gaagatgaat ataattgaat aagttggtta taatggtaag ggtagccgat tgtactgtgg
ggcattatgc ccctattttt tatttataaa tatgaaaaaa ggttgcacaa accaggatga
taatgtaaaa taataaaagg aggcgatatg atgagtagga aacttattaa atatttacct
ttactagtgc tggcatccag tgttttaagc ggatgttcca acaatgtgtc aagtatcaaa
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2013.04.15
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