적조발생에 의한 피해를 최대한 줄이기 위하여서는 크게 두 가지 방향으로 대책을 수립하여야 한다. 첫째로는 적조발생을 사전에 차단하는 것이다.
즉 적조원인생물이 충분히 번식하여 대량집적 할 수 있는 모든 원인과 기작을 규명하여 최대한 사전방지조치를 강구하는 것이다. 둘째로는 발생 후 피해를 최소화하는 대책수립이다. 이에는 발생과정을 면밀히 조기 발견 추적하는 것과 피해 가능한 해역에서 방제할 수 있는 대안을 만드는 것 등이 있다.
1. 적조발생방지대책
적조발생을 사전에 방지하려면 우선 내만성적조 유발의 가장 큰 원인인 연안의 부영양화 진행을 막아야 한다. 따라서 첫째, 육상기인 오염물질의 규제를 철저히 하여야 한다. 즉 하수 및 공장폐수처리 폐기물 등 점오염원의 관리를 빈틈없이 하여 부영양화 원인이 되는 유기물질의 유입을 가능한한 차단하고 여기에 비점오염원인 비료 및 농약등의 관리를 통한 부영양화의 심화를 억제시키는 일이 중요하다. 둘째는 해상기인 오염물질의 규제를 위해서 해상양식장 시설관리 및 정비를 강화하고 신규 양식장 허가기준을 강화하여 밀식이나 노후에 따른 자체 오염 가중을 막으려는 노력이 필요하다. 그리고 저인사료를 개발하려는 노력 또한 필요하다. 세째로는 이미 오염이 심화된 수질 및 퇴적층을 정화하는 방법으로 퇴적물의 주기적이며 지속적인 준설이나 오염물질의 인위적 제거작업이 필요하다. 네번째로는 적조상습발생 특별관리 해역의 확대지정을 통하여 하천으로 유입되는 오염물질의 총량규제 및 특별관리가 요구된다. 이를 위해서는 경제위축 가능성에 대한 정책적 배려를 통한 합리적 방안이 도출되어야 할 것이며 또한 효율적 총량규제를 위해서는 지속적인 연안해역의 환경용량연구가 절대적으로 필요하다. 마지막으로는 역시 국민 홍보 강화의 측면이 필요하다. 즉 환경보전 교육 프로그램 개발이나 환경 조기교육 실시를 통하여 장기적인 안목의 적조예방조치가 필요하다