1) 간이저장조
양계장을 제외한 중소규모 축산농가에서 설치하여 뇨폐수를 저장하는 방법으로 지역여건 및 사육규모를 고려치 않고 획일적, 형식적으로 실시하여 액비로 살포할 초지가 없는 등 문제점을 안고 있다. 분뇨차로 수거하여 공동처리장에서 처리하도록 하는 방법을 채택함이 바람직하다.
2) 활성오니법
뇨폐수중의 영향물질을 그 속에 생존하는 미생물의 대사작용으로 제거하는 방법으로 주로 대규모 양돈장에서 실시했던 방법이다. 그러나 최종방류수를 법규제BOD이하로 맞추기 위한 유지관리비가 많이 들며 기술적으로도 난점이 있어 현재 이용하는 곳이 거의 없는 실정이다.
3) 산화구법
전처리 과정에서 분리된 뇨폐수를 산화구에서 호기성 미생물을 이용하여 오염물질을 산화분해시켜 직접 방류하는 방법으로 처리 수질은 양호하나 토지 점유면적이 크고 설치비와 유지관리비가 많이 든다는 결점이 있으나 근래 많이 개량되었다.